Menyusul terbitnya Ubuntu 12.04 LTS, tim pengembang Linux Mint merilis versi Linux Mint 13 yang diberi nama julukan "Maya" dan ditampilkan mengenakan dua jenis busana MATE dan Cinnamon. Kedua versi desktop yang digunakan telah terintegrasi dengan sempurna dengan Linux Mint 13 yang kali ini juga menawarkan dukungan jangka panjang (LTS, Long Term Support) sampai dengan April 2017
Berbeda dengan panutannya Ubuntu, Linux Mint tidak menggandrungi Unity, namun menggunakan MATE 1.2, yaitu fork dari Gnome 2 dan juga menyediakan versi dengan Cinnamon 1.4 dari dapur pengembangan Mint. Desktop Cinnamon dibangun menggunakan Gnome 3 sebagai basis, tapi secara fungsionalitas berprilaku seperti Gnome 2.
Pada kesempatan yang sama, tim pengembang Linux Mint memperkenalkan MDM (Mint Display Manager), sebuah Display Manager racikan sendiri menggunakan GDM 2.20 (GNOME Display Manager) sebagai bahan baku. Menurut pengembangnya, MDM jauh lebih fungsional ketimbang versi asalnya. Ia menawarkan perangkat konfigurasi, dan bisa diselaraskan dengan tema selera pengguna, disamping memungkinkan mengatur login secara otomatis berdasarkan tenggang waktu. MDM juga mendukung skrip yang diinisialisasi berdasarkan event. Mendukung fitur tersebut, disesediakan dua tema baru Mint-X dan Mint-Z yang menurut pengembangnya lebih serasi mendukung Gnome 3.
Cinnamon adalah fork dari GNOME Shell yang awalnya dikembangkan oleh tim pengembang Linux Mint dalam upaya untuk menyediakan lingkungan kerja yang lebih tradisional berbasis desktop metaphor seperti pada GNOME 2. Cinnamon memanfaatkan Muffin, yaitu sebuah fork dari window manager Mutter untuk GNOME 3 yang diimplementasikan mulai versi Cinnamon 1.2 dan sesudahnya.
MATE adalah lingkungan desktop yang diturunkan (forked) dari /dan menggunakan code base dari GNOME 2. Namanya diambil dari kata yerba mate, sebuah nama species yang yang tumbuh di Amerika Selatan digunakan sebagai bahan untuk minuman bernama mate. MATE pada prinsipnya meneruskan pengembangan Gnome 2 dan penggantian nama diperlukan agar tidak konflik dengan komponen Gnome 3.