Proyek pengembangan GNOME dilansir agar tersedia CDE yang lebih baik dan bebas, sebagai alternatif terhadap KDE yang saat itu sudah eksis, namun menggunakan Qt widget toolkit yang ternyata belum dibebaskan. Untuk memenuhi kriteria yang diinginkan, GNOME memilih GTK+ toolkit sebagai basis pengembanganya yang menganut lisensi GNU Lesser Public License (LGPL), sebuah lisensi software bebas yang memberi peluang untuk dikombinasikan dengan lisensi jenis lainnya termasuk proprietari. GNOME sendiri mengadopsi LGPL untuk pustakanya (libraries), sementara untuk aplikasinya menerapkan lisensi GNU General Public License (GPL). GTK+ tersedia pada saat itu dikembangkan khusus untuk proyek Gimp yang sedang mengembangkan software pengelola grafis dengan nama yang sama.
Sekitar dua tahun dibutuhkan sampai versi stabil perdana GNOME 1.0 berhasil dirilis pada tanggal 3 Maret 1999. Versi ini, seperti juga pada versi-versi berikutnya GNOME 1.2 dan GNOME 1.4 ternyata banyak mengandung kekliruan yang menimbulkan banyak masalah. Pada masa yang sulit bagi proyek GNOME saat itu, banyak penggunanya meninggalkan desktop GNOME dan nyaris disingkirkan dari koleksi software dari sejumlah distribusi Linux yang beredar saat itu.
Dibawah bayangan kekuasaan KDE dengan pembebasan lisensi pustaka Qt untuk Linux sejak tahun 2000, proyek GNOME yang berada di akhir versi 1.x baru berhasil merampungkan beberapa komponen seperti pengelola berkas Nautilus yang pada saat itu juga berfungsi sebagai peramban web, dan pengelola window Sawfish.
Kopdar (kopi darat) berupa pertemuan GUADEC berlangsung untuk kali pertama di Paris pada tahun 2000 dan berhasil mengajak sekitar 70 kontributor proyek GNOME berkumpul untuk mengenal lebih dekat satu dan lainnya. Setelah itu, ajang acara GUADEC menjadi sebuah tradisi yang setiap tahunnya digelar di berbagai kota di Eropa dan diorganisir oleh relawan setempat.
Pada tanggal 27 Juni 2002 diluncurkan versi GNOME 2.0 yang memanfaatkan GTK+ 2 yang memiliki sistem konfigurasi baru terpadu. Diantara pembaruan yang dibawa adalah fitur Anti-aliasing, perbaikan dramatis untuk antarmuka grafis GUI, seperti juga fitur Internasionalisasi. Pengembangnya telah memberikan perhatian khusus terhadap peningkatan API yang memberi kemudahan pada adaptasi aplikasi mereka. Kecuali itu, banyak bagian desktop yang disederhanakan sehingga pemeliharaan menjadi lebih mudah. Introduksi Human Interface Guidelines (HIG) memungkinkan adanya antarmuka pengguna lebih konsisten dan dapat diprediksi.
Generasi GNOME 2.x yang berlangsung selama 9 tahun berhasil menelurkan 16 kali rilis yang berakhir pada bulan September 2010 dengan menerbitkan versi terakhir Gnome 2.32 sebagai penutup era GNOME 2 yang penggemarnya tidak sedikit. Rilis berikutnya adalah all new GNOME 3.0 yang diluncurkan pada bulan April 2011.
Pergantian generasi ternyata tidak semulus yang dibayangkan para pengembangnya. Sudah sejak dini sebelum resmi diluncurkan, keberadaan GNOME 3.0 telah banyak menuai kritik dari para pengguna desktop GNOME. Pengembang yang tidak rela meninggalkan GNOME 2 mengambil inisiatif guna melestarikan pemeliharaan dan pengembangannya dibawah proyek bernama MATE, sementara pengembang Linux Mint mengawali fork untuk Gnome-shell dengan proyek baru bernama Cinnamon. Kedua proyek berupaya mempertahankan tata cara untuk melestarikan kebiasaan para pengguna GNOME 2.
Terlepas dari situasi kontroversial yang terjadi antara generasi 2 dan 3, semuanya menyadari bahwa proyek sumber terbuka GNOME pada kenyataannya telah mampu bertahan, berkembang dan sukses selama 15 tahun terakhir.
.
