Sejak versi Backbox Linux 3.0 yang diluncurkan akhir tahun lalu (2012-10-25) telah digunakan kernel Linux 3.2, sementara desktop menyediakan Xfce 4.8. Spesialisasi backbox tidak hanya dengan melengkapi perangkat lunak seperti Tor dan GUI Vidalia untuk Tor, namun juga bersama Xfce menyediakan menu khusus "Auditing" yang mengandung banyak alat-alat keamanan termasuk password cracker, sniffer, honeypots dan alat pemulihan data seperti juga TestDisk dan PhotoRec.
Sebagai browser disertakan Firefox dengan klien Mail Thunderbird, disamping klien FTP Filezilla, Pidgin IM, Brasero, program pembakar DVD, perekam layar recordmydesktop dan VLC Media Player.
Pada rilis updated BackBox Linux versi 3.09 kali ini, terpasang kernel Linux 3.8, dengan EFI mode, Anonymous mode dan paket armhf dari Debian untuk arsitektur ARM.
Yang baru di Backbox 3.09 termasuk:
- Terinstal Kernel Linux 3.8
- perbaikan sistem
- komponen hulu
- koreksi dan melibas bug
- meningkatkan kinerja
- Peningkatan menu Pembaruan
- Peningkatan menu Forensik
- Baru: Anonim mode (transparent proxy Tor)
- Dihapus: v3.8 compat-nirkabel terinstal dengan patch yang Aircrack-NG
- Persiapan untuk arsitektur ARM (armhf paket Debian)
- Baru dan diperbaharui: hacking tools (armitage, beef-project, binwalk, ettercap, hashcat, hydra, kismet, msf, nmap, openvas6, recon-ng, setoolkit, sqlmap, thc-ssl-dos, weevely, wireshark, zaproxy, etc.)
